En su faceta de musicóloga, la línea de investigación principal de Yoly Rojas se orienta hacia el estudio estético de la música de tradición escrita, dentro del marco de los estudios de la cultura Iberoamericana y el mestizaje cultural. El eje principal de sus estudios es la visión del compositor con respecto a su proceso de creación, donde incluye sus propios procesos como creadora.

En esta línea de investigación destacan los siguientes trabajos y proyectos:

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